El Jaén Fútbol Sala mantuvo desde 2008 un acuerdo de filialidad con el Real Jaén Club de Fútbol, equipacion real madrid 2023 por el cual el equipo de Fútbol Sala tomaba el nombre de Real Jaén FS y el escudo del club. En (enero de 2011), octubre de 2010, el club entró en concurso de acreedores debido a la deuda que acumulaba la entidad, que oscilaba entre los sesenta y ochenta millones de euros.