En la temporada 2008/2009 se proclamó, por segunda vez en su historia, en el campeón de la Copa Federación al derrotar en la final al Rayo Vallecano «B» y disputó la promoción de ascenso a 2.ª siendo derrotado por 1 gol a 2, por el Villarreal «B» en el partido de vuelta de la tercera y última eliminatoria, tercera equipacion real madrid en el Estadio La Victoria. Guilherme Siqueira y Fabián Orellana (sería cedido esa misma temporada al Celta de Vigo), pasan a ser propiedad del Granada, y varios jugadores como Mikel Rico, Dani Benítez, Allan Nyom o el mismo Guilherme Siqueira, dada su gran actuación en Segunda, camiseta del real madrid son pretendidos por diversos equipos de Primera División.