Tras la desaparición del último equipo campeón, el Athletic se vio inmerso en un periodo de declive que comenzó en la temporada 1986-87, con José Ángel Iribar como técnico. Iribar falló el último penalti, que dio la victoria a los béticos. La primera equipación es un guiño a la plaza de Cibeles, donde el equipo celebra sus triunfos, mientras que la segunda está inspirada en los grafitis del barrio madrileño alternativo por excelencia, Malasaña. En la campaña posterior, ya con el entrenador Howard Kendall en el banquillo, el Athletic tiró de cantera para rejuvenecer el equipo subiendo a jugadores como Patxi Ferreira, Andrinua, Alkorta, Ander Garitano o Urrutia, alcanzando con ello la 4.ª posición y, por consiguiente, clasificándose para la Copa de la UEFA. La temporada siguiente también abandonaron el club otros tres jugadores que participaron activamente en las consecuciones de los títulos: Andoni Goikoetxea, Santi Urkiaga y Luis de la Fuente, y les siguieron un año más tarde Íñigo Liceranzu y Miguel De Andrés. En 1994 José María Arrate sustituyó a Lertxundi como presidente, trayendo consigo a Jon Andoni Goikoetxea del FC Barcelona y a Bittor Alkiza de la Real Sociedad y, como entrenador, a Javier Irureta, en sustitución de Jupp Heynckes, que había decidido antes de las elecciones no continuar en el club.

Esa temporada el Athletic se proclamó subcampeón de Liga y se clasificó para jugar, por primera vez, en la nueva Liga de Campeones de la UEFA, competición que fue estrenada en la campaña 1992-93 en sustitución de la antigua Copa de Europa (en la que el Athletic ya había participado en tres ocasiones). Terminados los años noventa, el Athletic entraba en una nueva década que no depararía nada relevante en la historia del club, siendo una etapa con pocos éxitos y en la que se vivieron varios años difíciles, en los que el club estuvo a punto de descender. Con esta nueva reglamentación, desaparecieron los apellidos ingleses de las alineaciones del Athletic y del resto de clubes de fútbol. Desde entonces se han utilizado diferentes modelos, entre los cuales se cuenta una camiseta a franjas horizontales en 1984, camiseta amarilla y pantalones negros en 1987, así como uniformes totalmente negros, grises o amarillos usados en las últimas décadas. Para la temporada 1995-96 volvió a fichar a una joven promesa del equipo donostiarra, en este caso, Joseba Etxeberria y puso como entrenador a Dragoslav Stephanovich.

La temporada 1999-2000 supuso el principio del fin para el equipo del centenario, acabando la liga en 11.ª posición. Como principal objetivo de la temporada, tras quedarse la anterior a las puertas tanto en Liga, Copa como Liga de Campeones, el club intentó recuperar el título de Liga con el que rivaliza en el último lustro con el F. C. Barcelona, así como el máximo entorchado continental tras finalizar como semifinalista en las tres últimas ediciones. El evento dio lugar en la decisión de las autoridades gubernamentales de Francia de disolver tres grupos ultras : los Supras Auteuil y la Grinta de la tribuna Auteuil, y los Authentiks de la tribuna G. Dos grupos hooligans fueron también disueltos : Commando Loubard y Milice Paris de la tribuna Boulogne. Desde 1999, y durante gran parte de la década del 2000, el Paris Saint-Germain tuvo éxitos momentáneos conquistando 2 títulos en la Copa de Francia y 1 Copa Intertoto, teniendo como gran referente en el torneo al brasileño Ronaldinho Gaucho. El escudo mantiene su forma circular, pero la palabra «Paris» queda sola en la parte superior del círculo, en caracteres más grandes, y Saint-Germain aparece en la parte inferior, en caracteres menos visibles.

Además, el doblete de Liga y Copa dio al Athletic de forma automática la Supercopa de España. El presidente Lertxundi decidió dar carpetazo de una vez al ir y venir de entrenadores fichando a un técnico contrastado, de esa forma el alemán Jupp Heynckes se hizo con los mandos del equipo en la temporada 1992-93. Con Heynckes el Athletic dio muestras de mejora y logró un 5.º puesto en la campaña 1993-94, que le daba derecho a jugar la próxima Copa de la UEFA. Pero el presidente José María Arrate quería mejorar aún más el equipo de cara a la temporada 1997-98, la cual era una temporada especial debido a que el club celebraba su centenario. En el verano de 1990 José Julián Lertxundi fue nombrado nuevo presidente del club, y con él regresó al banquillo Javier Clemente, que casi a final de temporada fue sustituido, de nuevo, por Iñaki Sáez. Al comienzo de la temporada 2001-02, el Athletic estrenaba nuevo presidente; Javier Uría, y nuevo entrenador; Jupp Heynckes, que realizaba su segundo ciclo en el banquillo rojiblanco. En los dos años que estuvo Jupp Heynckes, el equipo mejoró considerablemente, ya que estuvo luchando por clasificarse para la Copa de la UEFA hasta el último momento, además de llegar hasta semifinales de la Copa del Rey, tras quince años sin lograrlo, siendo eliminado finalmente por el Real Madrid.

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