La ausencia de algunos de sus principales peloteros criollos y la poca participación de otros, en gran medida determinaron el destino del club. En la 2004-05 y por segunda campaña consecutiva, Magallanes quedó eliminado al terminar en el tercer lugar de su división con registro de 27 y 35. Una vez más la ausencia de sus principales figuras llevó a la divisa a depender en buena medida de su cantera de peloteros, entre los cuales destacaron el jardinero Arturo Rivas y los lanzadores Yusmeiro Petit y Aníbal Sánchez.