En la final cayó derrotado por 1-4 frente al F. C. Barcelona, que más tarde logró el triplete al ganar la Liga, la Copa y la Liga de Campeones. Mientras, en la liga, el equipo se pasó toda la temporada en la parte media-baja de la clasificación, incluso en algunas jornadas se metió en puestos de descenso, pero finalmente logró la salvación sin pasar demasiados apuros, quedando en 12.ª posición. 24 de julio. El mismo día que se jugó el segundo partido de preparación para la nueva temporada se anunciaba la ampliación de contrato del canterano Jesé Rodríguez por cuatro temporadas, pasando a formar parte de la plantilla del primer equipo. Finalmente el Athletic concluyó la liga 9.º y el entrenador Ernesto Valverde rechazó la oferta de renovación por discrepancias con la nueva junta directiva. Con Ernesto Valverde el Athletic se clasificó para la Copa de la UEFA, terminando la temporada en 5.ª posición. Para la temporada 2003-04, Jupp Heynckes abandonaba el banquillo para ser sustituido por Ernesto Valverde, lars 7 un entrenador de la casa que acababa de subir del filial. Ana Urquijo tomó el sillón presidencial y puso a José Manuel Esnal «Mané» de entrenador. 21 de julio. Raúl Albiol fue traspasado a la Società Sportiva Calcio Napoli, donde se reencontró con José Callejón, por una cantidad cercana a los doce millones de euros.
En las dos temporadas siguientes, pese a realizar buenas presentaciones, Peñarol no consiguió acceder a la final del Campeonato Uruguayo, finalizando en la segunda posición de los torneos Apertura 2001, Apertura 2002 y Clausura 2002. A nivel dirigencial, durante este período se destacó la inauguración oficial del Museo del club el 28 de septiembre de 2001. En el año 2003, bajo la conducción técnica de Diego Aguirre y con un plantel en el que destacaban el delantero Carlos Bueno y el arquero paraguayo José Luis Chilavert, Peñarol volvió a adjudicarse el Campeonato Uruguayo luego de superar a Nacional por 1-0 el 4 de diciembre de 2003 en el Centenario. Aun así, el Athletic logró clasificarse para disputar otro año más la Liga Europa, gracias a haber llegado a la final de Copa. Gracias a esa final, el Athletic se clasificó para disputar la nueva Europa League (versión renovada de la Copa de la UEFA) y para jugar la Supercopa de España contra el propio F. C. Barcelona, que de nuevo resultó vencedor. Durante ese tiempo, el equipo se fue renovando poco a poco gracias a nuevos jugadores que subían de la cantera, y que lograban consolidarse; caso de Aranzubía, Del Horno, Luis Prieto, Murillo, Aitor Ocio, Gurpegui y Yeste.
En el mercado de invierno Gaizka Toquero se incorporó al equipo proveniente de la S. D. Eibar, de Segunda División, club en el que estuvo cedido desde que el Athletic acometiera su fichaje meses atrás. Tras el partido se realizó un sencillo acto de homenaje al estadio, que aún fue testigo de otros dos encuentros más antes de su cierre y posterior demolición; el domingo 2 de junio el Bilbao Athletic disputó el play-off de ascenso a Segunda División, mientras que el día 5 del mismo mes tuvo lugar el partido de homenaje a San Mamés, que enfrentó al Athletic contra la selección de Vizcaya. Toni Kroos no volverá a vestir la camiseta de la selección de Alemania. Tras conquistar aquel torneo, Cristiano puso rumbo a Turín para vestir, precisamente, la camiseta del rival de aquella noche de abril. Contaría con la baja de dos de sus puntales en temporadas anteriores: Asier del Horno, traspasado al Chelsea F. C., y Santi Ezquerro, que finalizaría contrato y firmaría con el F. C. Barcelona. Estas dos temporadas fueron recordadas por los propios aficionados como el «bienio negro».
Adicionalmente han sido utilizadas camisetas de distinto color para partidos internacionales, especialmente en la década de los años 1960 y 1970. En 2010 se comenzó a utilizar como alternativa una camiseta dorada con cuello negro. Hechter lanzó una oferta de inversión para ayudar al PSG a paliar una grave crisis financiera a mediados de la década de 1970: 10 000 francos por una suscripción de por vida en el Parc des Princes. Después de más de una década siendo llamado a filas, el centrocampista asegura en una carta que ha llegado el momento de decir adiós y centrarse en su club, el Real Madrid. Además, la decisión de no renovar a Fernando Amorebieta, que pedía un salario más alto, llevó a la aparición de un joven llamado Aymeric Laporte. La temporada 2012-13 estuvo marcada por el regreso de Aritz Aduriz y la marcha de Javi Martínez al Bayern de Múnich, quien tras muchas tribulaciones abonó la cláusula de 40 millones de euros que daba por rescindido su contrato con el Athletic, sumado a la decisión de no renovar su contrato de Fernando Llorente. Con Varane (50 millones), el United ha cerrado un mercado de fichajes muy productivo, pues además del defensor se hicieron con la firma del inglés Jadon Sancho (85 millones), uno de los delanteros más prometedores de Europa que hasta esta temporada militaba en el Borussia Dortmund, donde era el mejor socio de Erling Haaland.