Pero no le fueron bien las cosas al Athletic, ya que en competición europea cayó eliminado en los dieciséisavos de final por la Juventus de Turín y, en la liga, se quedó en un intranscendente 7.º puesto. Esa temporada el Athletic se proclamó subcampeón de Liga y se clasificó para jugar, por primera vez, en la nueva Liga de Campeones de la UEFA, competición que fue estrenada en la campaña 1992-93 en sustitución de la antigua Copa de Europa (en la que el Athletic ya había participado en tres ocasiones). En la campaña posterior, ya con el entrenador Howard Kendall en el banquillo, el Athletic tiró de cantera para rejuvenecer el equipo subiendo a jugadores como Patxi Ferreira, Andrinua, Alkorta, Ander Garitano o Urrutia, alcanzando con ello la 4.ª posición y, por consiguiente, clasificándose para la Copa de la UEFA. El presidente Lertxundi decidió dar carpetazo de una vez al ir y venir de entrenadores fichando a un técnico contrastado, de esa forma el alemán Jupp Heynckes se hizo con los mandos del equipo en la temporada 1992-93. Con Heynckes el Athletic dio muestras de mejora y logró un 5.º puesto en la campaña 1993-94, que le daba derecho a jugar la próxima Copa de la UEFA.

Así, el Athletic dio un gran salto de calidad y logró clasificarse para la Copa de la UEFA, camiseta real madrid quedando en 6.ª posición. La temporada 1999-2000 supuso el principio del fin para el equipo del centenario, acabando la liga en 11.ª posición. Después de atravesar un mal período en el plano deportivo, que incluyó un descenso en 1968, en los años 1970 el club volvió a obtener buenos resultados al adjudicarse los campeonatos de 1973, 1978 y 1979, este último el primer campeonato profesional del baloncesto uruguayo. En total, entre los años 2005 y 2009, pese a que la institución no consiguió buenos resultados en el ámbito deportivo, Peñarol fue el equipo con mayor convocatoria de la Primera División de Uruguay, con más de 1 000 000 de entradas vendidas durante este período, más de un 20 % sobre el segundo ubicado. Algunos clubes profesionales también suelen mostrar el nombre, apellido o apodo del jugador sobre el número o, menos frecuentemente, debajo del mismo. A pesar de que no juega desde mayo por un supuesto incidente con su entrenador, Ismail Kartal, el ex madridista no se plantea salir del club turco porque lo considera «el club se mi infancia». Además, los problemas económicos obligaron al Athletic a desprenderse de dos de sus jugadores más importantes; el portero Andoni Zubizarreta, que recaló en F. C. Barcelona, y el delantero Julio Salinas, que se fue al Atlético de Madrid.

La temporada siguiente también abandonaron el club otros tres jugadores que participaron activamente en las consecuciones de los títulos: Andoni Goikoetxea, Santi Urkiaga y Luis de la Fuente, y les siguieron un año más tarde Íñigo Liceranzu y Miguel De Andrés. Se trata de una práctica delictiva cada vez más común que se ha convertido en una auténtica pesadilla para los futbolistas, cuya fortuna y exposición en redes sociales les convierten en un blanco fácil. Además, logró hacerse con el título de Copa, que se disputó contra el F. C. Barcelona de Maradona, gracias a un gol de Endika. El título se celebró con un paseo en gabarra por la ría de Bilbao. Para la temporada 1995-96 volvió a fichar a una joven promesa del equipo donostiarra, en este caso, Joseba Etxeberria y puso como entrenador a Dragoslav Stephanovich. Para la temporada 1996-97 el Athletic tomó medidas para reconducir la situación del equipo, contratando al entrenador Luis Fernández, e incorporando a la plantilla a los jugadores Imanol Etxeberria e Ismael Urzaiz, que se sumaban al fichaje -un año antes- de Joseba Etxeberria. Durante ese tiempo, el equipo se fue renovando poco a poco gracias a nuevos jugadores que subían de la cantera, y que lograban consolidarse; caso de Aranzubía, Del Horno, Luis Prieto, Murillo, Aitor Ocio, Gurpegui y Yeste.

El equipo titular lo conformaban otros jugadores de peso en el equipo como Bittor Alkiza, Aitor Larrazabal, Cuco Ziganda o el propio Julen Guerrero. Dentro de la FUF existieron varios equipos nuevos, muchos surgidos en honor a Peñarol, como «Peñarol del Plata», «Roland Moor» o «Roberto Chery Montevideo». ↑ «eSports: Nacional le ganó la Copa Uruguay a Peñarol con un gol olímpico en la hora». ↑ a b Deia, ed. ↑ «Le Camp des Loges». ↑ MD, ed. (15 de febrero de 2019). «Sancet tiene contrato de león». El primer derbi liguero, se disputó en feudo realista un 10 de febrero de 1929, coincidiendo con la primera jornada de la historia de la liga. Lo invocan porque el Valladolid, único equipo castellano en primera división, tiene media pierna en segunda víctima de una demoledora estadística a la que apelan los sabios de la ciudad: lleva 18 partidos consecutivos recibiendo un gol en su campo. En el mercado de invierno Gaizka Toquero se incorporó al equipo proveniente de la S. D. Eibar, de Segunda División, club en el que estuvo cedido desde que el Athletic acometiera su fichaje meses atrás.