Sin embargo, y preparándose para su debut en la categoría de plata, el estallido de la Guerra Civil en julio de 1936 le hizo tener que esperar hasta la campaña 39/40. Ya en 1941 adoptó el nombre de Club Deportivo Córdoba, al ser aplicada la Ley que prohibía el uso de extranjerismos. Descendido a Primera Regional, tras el ascenso a Tercera División y coincidiendo con el mandato de su presidente José Ramón De la Lastra, en 1944, consiguió el título de “Real” pasando a ser titulado Real Club Deportivo Córdoba, nombre con el que regresó a Segunda División disfrutando de esta categoría entre las temporadas 45/46 y 47/48, mientras en la campaña 48/49, descendido, segunda equipacion real madrid jugó en Tercera División para cerrar la década con un nuevo ascenso a la categoría de plata.