Su última etapa en el Athletic tuvo lugar en la campaña 2005-06, en esta ocasión el equipo estaba inmerso en la lucha por el descenso y su objetivo era conseguir la salvación, la cual logró en la penúltima jornada, concluyendo la liga en 12.ª posición. Su derrota este sábado en el Coliseum ante el Cádiz les deja en una situación comprometida, a solo cuatro puntos del descenso y teniendo que jugar de forma consecutiva ante Real Madrid y Barcelona. Mendy, Carvajal, Ramos, Varane y Lucas Vázquez serán baja ante el Villarreal por lesión, y a todos ellos se les unirá Kroos, que ha dado positivo por coronavirus. Después de un partido de Copa de la UEFA en 2006 ante el Hapoel Tel Aviv Football Club en el Parc des Princes, tercera equipacion real madrid el miembro de los Boulogne Boys Julien Quemener fue asesinado a tiros por un policía tratando de proteger a un aficionado judío del Hapoel que estaba siendo atacado. En 1981 llegaría otro de los grandes entrenadores de la historia del Athletic, Javier Clemente. Otro de los entrenadores relevantes en la historia del Athletic, fue el checoslovaco Ferdinand Daučík, que venía de hacer un gran papel con el F. C. Barcelona.
En las dos décadas posteriores tuvo gran éxito la «segunda delantera histórica» del club, formada por Iriondo, Venancio, Zarra, Panizo y Gaínza. Fue el arquitecto de la afamada «segunda delantera histórica» del Athletic, formada por Iriondo, Venancio, Zarra, Panizo y Gaínza. Disolvió la ya veterana «segunda delantera histórica» y logró conformar un equipo joven que no tardaría en ser campeón, conquistando el doblete de liga y Copa en la temporada 1956, además de llevar al equipo a debutar en la nueva Copa de Europa. Con un equipo renovado, se hizo con el campeonato de Copa en su primer año como técnico. Con Barnes el Athletic ganó por segundo y tercer año consecutivo la Copa del Rey de 1915 y 1916 respectivamente. Hasta que en 1920, regresaría de nuevo William Barnes, para hacer al club campeón de la Copa del Rey de 1921. Esta fue la última temporada de Barnes como entrenador del Athletic.
Su momento más dulce, fue cuando llevó al Athletic a disputar la final de la Copa del Rey en 2009, hecho que cobró gran relevancia, segunda equipacion real madrid debido a que el club llevaba 24 años sin conseguirlo. Con Luis Fernández el Athletic se proclamó subcampeón de liga, además de clasificar al Athletic para la Liga de Campeones, hazaña que fue celebrada por todo lo alto, y que lo acentuó el hecho de estar en plena celebración el centenario del club. En el año 2010 el club se enfocó en aumentar la masa social para lograr la auto-sustentabilidad. Tras largas y agrias discusiones el Athletic aceptó retirar a dos de sus ingleses, dejando a Martyn Veitch, que ya había sido campeón con el Athletic el año anterior. Barnes fue el encargado de entrenar a un Athletic que ya había sido campeón ese mismo año, y que estaba viviendo los primeros años dorados de su historia. En los siguientes años, continuó acumulando logros a nivel nacional e internacional, destacándose la obtención de los campeonatos nacionales de 1967 y 1968, y de la Supercopa Sudamericana de Campeones Intercontinentales en 1969, certamen que agrupó a los clubes sudamericanos que hasta ese momento habían ganado la Copa Intercontinental.
También llevó al Athletic a disputar la Liga de Campeones en la temporada 2014-15, tras 16 años sin lograrlo. Su primera etapa finalizó en 1925. Pocos años más tarde, en 1929, regresó para hacer historia con el Athletic. En 1922, llegaría el que sería uno de los entrenadores más laureados de la historia del club vasco, el inglés Frederick Pentland, que ya dejó buenas impresiones a su paso por el Racing de Santander. Otros jugadores destacables de esa época en el Athletic, fueron; Eneko Arieta (tercer máximo goleador de la historia del club, sin contar goles en Campeonato Regional), Fidel Uriarte, Txetxu Rojo, Ángel María Villar o Javier Irureta. Sin embargo, pese a no lograr retener el campeonato, el club realizó una notable actuación finalizando en segundo lugar merced a los 103 tantos a favor, siendo la quinta vez en la historia de la competición que logró anotar cien o más goles, y finalizó la temporada con 153 goles, su segundo mejor registro. No solo lo consiguió, sino que además logró formar uno de los mejores conjuntos de la historia del Athletic. El Real Madrid C. F. disputó la Copa del Rey, la Liga y la Liga de Campeones, con el objetivo de conquistar alguna de ellas tras finalizar como subcampeón en las dos primeras y semifinalista en la continental.