En la temporada 2008/2009 se proclamó, por segunda vez en su historia, en el campeón de la Copa Federación al derrotar en la final al Rayo Vallecano «B» y disputó la promoción de ascenso a 2.ª siendo derrotado por 1 gol a 2, por el Villarreal «B» en el partido de vuelta de la tercera…